No sabemos casi nada sobre su formación musical, la que muy probablemente recibió de su padre que, oriundo de Goslar, trabajó como Instrumentista en Haguenau y en 1614 fue nombrado en la colegiata de Stuttgart para desarrollar la música de la iglesia y en 1639 se convirtió en miembro de la Capilla Württ. Philip Frederick fue probablemente discípulo de su padre y del organista de la abadía Johann Ulrich Steigleder. El cultivo de la música en la corte de Stuttgart era en esa época reconocido internacionalmente, lo que permitió al compositor aclarar dudas y recibir variadas sugerencias.

Edición discográfica con una obra de Philip Böddecker

En 1626 Philipp Friedrich fue nombrado organista y maestro de canto en la Escuela Latina de Buchsweiler,  (Alsacia), y en 1629 fagotista y organista de la corte del landgrave de Darmstadt. Su siguiente trabajo lo llevó al servicio de la Markgräflich-badischen Hofkapelle en Durlach, donde fue nombrado en 1638 para la iglesia de Barfuesser en Frankfurt am Main. En 1642 llegó a ser organista en la Catedral de Estrasburgo y en 1648 organista y director musical de la Universidad de Estrasburgo.

En 1652 tomó el lugar de organista en la abadía de Stuttgart. Su "Sacra Partitura", dedicado a la duquesa Sybilla de Württemberg., era para preparar su trabajo como Hofkapellmeister. Sin embargo, este cargo es otorgado a Samuel Capricornius, lo que generó una agria controversia entre ambos compositores. Además de la colección "Sacra Partitura", con obras sacras, para soprano y bajo continuo, una sonata para violín y una sonata para fagot, continúa con el “Melos irenicum”, una obra en 18 partes para una ceremonia para celebrar la Paz de Westfalia. La "Sacra Partitura" se imprimió en 1651 en Estrasburgo y la única copia sobreviviente se encuentra en la Biblioteca del Estado de Württemberg en Stuttgart. Incluye alemán y 10 motetes solos en latín, incluyendo 3 de Gaspar Casati (1641 en Novara) y uno de Claudio Monteverdi, y dos sonatas para violín y virtuoso del fagot. La composición de Casatis "Padre Nuestro" fue acompañada por Böddecker (para la liturgia luterana) con un suplemento ("Quia est regnum tuum”).

De su tiempo en Stuttgart sólo hay una composición ocasional, una elegía por la muerte de la hija de un funcionario de Württemberg. En 1661 compuso "Trauer-Klang und Trost-Gesang", también una composición de celebración. Su obra "...Handleitung zum Generalbaß" ", fue publicado en 1701 por su hijo Phillip Jacob Böddecker. Algunas de sus obras perdidas son ''Neuverstimbte Violenlust" para tres violas y bajo continuo (Francfort, 1652) y una colección de manuscritos de 5 Salmos contrapuntísticos  (Stuttgart, 1654).